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En 1539, Francisco de Borja, duque de Gandía, acompañó hasta Granada el cuerpo de la emperatriz Isabel de Portugal para ser enterrado en la Capilla Real. La visión del cuerpo corrupto de su amada reina y el posterior sermón durante el entierro que diese San Juan de Ávila despertaron en el noble inquietudes espirituales que poco después lo llevarían a ordenarse sacerdote y a unirse a la orden de los jesuitas al poco de fundarse, de la que acabaría siendo el tercero de sus generales. Así, antes incluso de existir, empezó la relación entre la Compañía de Jesús y la ciudad de Granada
Los jesuitas llegan a Granada, en 1554, siendo sus promotores los anteriormente citados San Juan de Ávila o San Juan de Dios entre otros. Aquí se comenzó, en Origen, el Colegio de San Pablo y, en el Albaicín, una escuela para la formación de los moriscos, regida por destacados jesuitas de esta etnia.